購入した不動産を登記する際にかかる税金です。
登記手続きを司法書士に依頼する場合は、司法書士を通じて納付をします。
通常の住宅購入においては、建物の保存登記または所有権移転登記、土地の所有権移転登記、抵当権設定登記が対象となります。
登録免許税にも軽減措置があり、所有権保存登記（建物）は固定資産税評価額の０．１５％（条件あり）、所有権移転登記では土地が同１％、一定条件に該当する建物は同０．３％、となります。
また抵当権設定登記では債権額の０．１％が税額となりますが、土地を先行取得して土地だけに先に抵当権を設定する際は０．４％が税額となります。
尚、建物の表示登記は非課税、公庫融資やフラット３５を利用する際は抵当権設定登記が非課税となります。

→Ｈ１９，４，１よりフラット３５利用の場合は課税対象となります

＜例＞
土地１００�u（評価１，５００万円）、建物１２０�u（同１，２００万円）の新築建売住宅を購入し、住宅ローンを２，９００万円借り入れた場合

不動産取引において、登記手続きは司法書士と呼ばれる専門家に依頼するのが一般的です。
本来は購入者など取引の当事者が行うことが可能ですが、一定の専門知識が必要なことや、売主、仲介業者、金融機関（売主側、買主側）との調整や承諾が必要なことから、ローンを組まずに自己資金のみで購入（建築）するケースでも無い限り、自分で手続きをすることはない（できない）と考えた方が無難です。

司法書士に支払う報酬は、物件場所や筆数（※）、ローンの本数によっても異なりますが、新築建物の場合の保存登記または中古建物の所有権移転登記、土地所有権移転登記、抵当権設定登記に諸経費（必要書類の交付申請や確認、交通費等々）を加えて１０〜１５万円が目安ではないかと思います。

尚、通常は上記３）の登録免許税と司法書士報酬が一枚の明細（見積もり）となって提示されます。登録免許税については誰が行っても同じ金額ですが、司法書士報酬については規定がありませんので、見積もり金額に対し値引き交渉を行うことも可能です。但し対象となる不動産取引の内容により金額が異なりますので、単に見た目の金額だけを見て高い安いは論じられませんのでご注意下さい。


※
土地登記簿にて一個の土地を指す単位を「筆」といいます。一区画に見える土地であっても登記簿上は複数の筆に分かれていることも珍しくありません。

→　登記とは